两个小时后初号机的回收工作已经完成，而上条也回到了NERV总部。等他来到指挥室的时候，三个女的都在。上条来到绫波丽面前，把她温柔地搂进怀中：“抱歉，让你担心了。”绫波丽并不擅长表达，但她也抱住了上条，红色眼眸流露出浓浓的关心。
“上条君，你没有什么事吧？”葛城美里有些担心地说道。上条耸了耸肩：“我身体好的很，不用担心我。"然而赤木律子却道：“不行。你必须要做个全身检查，要知道一开始你的精神陷入了重度污染。”“好吧，丽麻烦你等我会儿。”“没事的当麻。”绫波丽温柔道。上条跟着她来到一个实验室，又是抽血化验又是核磁共振，足足花了一个多小时才弄完。上条与绫波丽直接坐电车回到了葛城美里家，很快屋里便飘起一阵浓郁的香气。
接下来的一个星期过得风平浪静。碇真嗣因为上条的影响所以性格改变了些，至少不再害怕与人交流。每天与绫波丽、碇真嗣一起上下学，上条的日子过得还算轻松。就在几天前碇源堂回来了，出人意料的是他并没有表现出对上条的不满。因为比起让上条变身，驾驶初号机还在控制范围内，况且第三次冲击的关键是绫波丽和初号机，驾驶员倒也不是非要碇真嗣不可。
这天他们正在上课，突然警报声又响了起来。第五使徒雷天使，来袭。碇真嗣看着两道远去的背影，心中环绕着上条说过的话：人不能总是逃避，总要做点什么。刚到NERV，他们便被安排去做出击准备。上条穿上战斗服后，看到穿着战斗服的绫波丽略微有些失神。上条紧紧抱住她：“我一定会保护你的。"绫波丽俏脸通红。
很快，上条进入了初号机的驾驶舱而绫波丽也做好了出动准备。不过是上条先出击，如果扛不住了就让零号机支援。随着葛城美里一声令下，初号机被一股强大的后推力飞速推向地表。“上条君要小心啊！”葛城美里担心道。上条驾驶初号机已经来到了地上，“伊吹准备发射武器，上条君准备接收。”葛城美里道。
此时的碇源堂坐在司令位上：“这次的使徒有传来图像画面吗？”而冬月耕造副司令也是一副像谁欠他五百万一样的万年不变的表情。很快大屏幕上显示出雷天使的样子，一个晶莹的蓝色正方体向本部飞来。飞行的同时发出阵阵噪音，虽然还没开始攻击但给人一种不好对付的感觉。“不好，内部出现高能反应。”日向诚惊道。
“上条君快躲开！”葛城美里拿起耳机大叫道。上条在地面上早就发现了这一幕，一道比太阳光还要耀眼的光线向初号机袭来，光线所到之处的建筑均被融化，其威力不可小觑。只见上条控制初号机双手平推，直接打开了AT力场。一道炫目的多边形屏障瞬间挡在了初号机身前，雷天使的强光竟暂时未能突破初号机的防御。
上条笑了笑，这AT力场果然不能小看，毕竟可是被称为“将自身与自我和客观世界分割开的一堵墙”的武器。可是上条却有些疑惑，为什么他能这么简单地施展AT力场呢？一阵令人牙酸的声音响起，初号机身前的屏障不断受到冲击。但即使这样，雷天使的激光也没能贯穿初号机施展的防御，随着时间的推移激光开始渐渐消失。
随着光线的消失众人也松了口气。据战斗人员报告，这次的使徒空前强大，光凭初号机未必能战胜对手。突然葛城美里惊呼道：“上条君你想做什么？”屏幕上，上条驾驶初号机飞速地奔跑，不断地拉近与雷天使之间的距离。雷天使自然发现了初号机的进攻，随即便做出了回击，紫色的粒子炮不断向初号机袭去。
在上条的控制下，初号机做出各种比常人更加灵活的闪避动作，轻而易举地避开了雷天使的疯狂攻击。已经正面抵挡过一次激光，上条可不会吊死在同一棵树上。很快，初号机与雷天使之间的距离越来越近。本来分散成上下晶体，露出使徒核心的雷天使突然开始一阵形态变换，重新变回一个严丝合缝的正八面体棱形晶体。
上条驾驶的初号机在几百米外打量着这个攻守兼备的空中要塞。这个状态下的雷天使堪称绝对防御，面对近距离的初号机，它直接切换到了乌龟壳模式。在原剧情中是零号机和初号机联手才打败它，但现在是上条来驾驶初号机，自然不想用那消耗全日本电力的阳电子炮来干掉它。只见初号机举起粒子刀就朝使徒冲了过去。
雷天使立马张开了AT力场，初号机的粒子刀轰击在上面，迸溅出激烈的火花。上条见无法破开屏障便抽身后退，把背后留给了使徒。雷天使突然再次转换形态，一道激光暴射而出。“上条君小心。”葛城美里惊叫出声，而初号机却瞬间做出了惊人的反应。只见它一个快速回身并往左一扑，手中的粒子刀直接被扔了出去。初号机躲开之时粒子刀也刺穿了核心插在了地上，雷天使的身躯转眼间爆炸成了一片血雨。战斗，结束。
上条那神迹一般的操作自然引发了一阵阵喝彩，除了司令和副司令。绫波丽绽放出笑容，葛城美里和赤木律子均是满脸惊讶，初号机回收工作开始。距第五使徒来袭已过了一个多星期，这天上条和绫波丽正抱在一起睡觉，突然被葛城美里慌慌张张叫醒。两人一问才知道第六使徒来了，结果刚出门又接到一个电话，使徒已经被解决了。三人一问，原来是从欧洲运来的二号机和驾驶员到了。原欧洲空军王牌果然名不虚传。
赤木律子约他们去吃饭，但绫波丽和碇真嗣却不想去，上条给他们做好午餐后就和葛城美里出门了。到了餐厅，却有三人在等着。“美里，好久不见。”加持良治正想拥抱葛城美里但却被挡开，“你怎么来了？"“是不是很惊喜，很意外？就是为了给你惊喜才故意不告诉你的。"“你还是跟以前一样。"加持良治这时才看到少年：“认识一下，我是加持良治。”“初次见面，我是上条当麻。”两人握了握手，随即上条注意到了另一位少女。
半马尾的橘黄色长发，一双冰蓝色的大眼睛，纤细但绝对有料的身材，正是明日香。“你就是初号机的驾驶员吧。”语气似乎有些敌意，“是的，以后还请多多指教了。”“我可跟你不一样，我是最优秀的。"明日香骄傲地道。一番介绍后五人进入了餐厅，上条看着面前的少女有些出神，“看什么看，没见过美女吗？”明日香杏眼圆瞪道，“不好意思，我们以后是并肩作战的伙伴，多熟悉一下不好吗？”“哼，我一个人就可以了不需要帮手。”
“那以后在战斗中还请多多关照。”“没问题。”明日香一副大包大揽我最厉害的样子。加持良治谈起在欧洲的见闻，但葛城美里却一副兴致怏怏的表情，其实上条也明白，他在葛城美里心中还是有地位的。很快料理上桌，五人开动了，而上条却思索着两个问题。午餐很快吃完了，明日香也搬到了葛城美里家但今晚暂住基地，有些事情需要告诉她，于是上条开车送他们去了总部。
上条知道明日香的性格很孤独，成长在单亲家庭的她认为凡事靠自己就行了。于是上条主动和坐在副驾驶座上的明日香聊天，因为明日香的内心其实是很热情的所以两人很快互相了解了对方。知道上条父母双亡后的明日香在与上条聊天中渐渐觉得对方成了自己的新朋友。
明日香整张脸都洋溢出轻松愉快的笑容。一开始是抱着执行任务的目的来第三东京市，但第一天就认识了新的朋友，看了一眼旁边开车的上条当麻，她的笑容更加灿烂了，似乎这样也不错呢。
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